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发酵工程是指在研究微生物工业生产中每个单元的操作工艺和设备的一门重要的学科。主要内容包含菌种的配制、选育、培养、接种、发酵的过程和产品的分离提纯等等，发酵工程是采用现代工程技术手段，利用微生物的特定功能来培育菌体和代谢产物的过程。 发酵工程基本上分为上游工程、发酵和下游工程。在发酵工程中必须有严格的无菌生长环境。
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