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第一，发酵原料的一个处理问题 ，在一些发酵原料的工业微生物中是不能直接使用的，是需要做相关处理的比如粉碎与蒸煮与水解成葡萄糖以作微生物的一个利用。
第二，发酵过程的一个准备，就是发酵前必须进行与种子的配备与无菌的一个消毒。前提是需要有一个高压蒸汽灭菌。
第三，生物反应器以及反应条件的一个选择，由于使用的微生物的不同，其代谢规律不一样，因此有了厌氧的一个种方法
第四，就是在产品的分离与纯化上，是需要把发酵液中制取符合质量指标的一个制品。
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