荧光显微镜的滤光装置，是按着用途来作以下分类的：
1、激发滤光片是按着激发滤光片加在汞灯与二向色镜两者间的，物镜之前的，此滤光片的作用在消除无用光谱成分，或许激发光波中有着成分通过的作用达到被检标本上。
2.阻断滤光征在于物镜之上，二向色镜与目镜间的，用以阻断或者吸收光路中的激发光与一些波长较短的光线，以防伤害眼睛作一个荧光透过作用，用来作断开与吸收作用的。通过样品作出荧光作用。
3.分色镜，是通荧光显微镜中除上述两类滤色镜外，尚有一个很重要的角色镜来作一个二向色镜，其位于汞灯激发滤光片所构成的平行光轴与目镜与物镜所构成的一个直光轴的所相交处，是可以斜向安 装于光路之中，由镀膜的光学玻璃所制成的，镜面方位与上述两光轴交角均呈四十五度角，兼有透射长波光线与反射短波光线的功能，在荧光显微镜所承当色光的分流作用的。
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